推展友善農法的耕作，是發展台東地區特色農業的一個重要方向，但是在友善農法推展的過程中，農民常遇到許多關於病害發生而難以克服的障礙，也因此讓友善農法一直無法順利推動，因此無法建構利於進行友善農業耕作的田間環境，這些問題包含 (1). 耕作環境合理通風調件、(2). 適量的採光、(3). 減少病原傳播的澆灌方式、(4). 有效而便宜的器具消毒方法、(5). 合理的農業廢棄物處理方式、(6). 缺乏準確而有效的科學方法進行病害的診斷。基於上述原因，目前台東地區許多有志從事友善農法的農民，也僅能依靠傳統經驗，面對正在發生或即將發生的病害，這樣的病害管理方式，不但無法對即將大發生的病害進行預判，進而採取適當的保護性措施，更容易因為誤判而錯誤的大量使用無效的化學性農業藥劑。另外就算有些農民有心願意推動友善農法，卻缺乏相關的知識及管道，取得非化學性的農業藥劑來使用，也就只能被迫放棄友善耕作的理想，回歸慣行農法的耕作方式。。
而大學校園內雖然有機會對學生提供植物保護相關學科的教學，但是也面臨幾個很難解決的大問題。(1). 在課堂上如果只依靠書本資訊來研讀相關資訊，雖然可以完整的建構學生對於植物病害發生的相關病理機制，但是這樣的知識傳達過程，經常因為內容過於抽象且艱深乏味，對於初學者的入門學習有很大的障礙。(2). 當課程進行到病害發生及防治的個案討論部份時，這些不同的病例通常因為資料量很龐雜且重複性高，造成學習者在面對大量資訊堆疊出現時，常常無法充分了解與吸收，引起學習疲累，使得學習成效低落。(3). 在實驗室進行老師安排的病害診斷技術學習時，常因缺乏對於未知問題挑戰的樂趣，無法激起學生的興趣，學生在學習時，也無法與台東地區社區問題進行聯結，引起對於台東地區的社會責任與社區參與感，因此無法學習興趣低落。(4). 學生在學習時，如果學習的夥伴只局限於身旁多年共同學習的同學，經會會因為彼此互相過於熟悉，而無法互相激盪出新的摩擦與火花，需要與陌生的農民接觸，才能激起學生自我要求，向上提升的動能。
結合上述兩個主要問題，希望透過本課程的執行，可以讓台東大學修習分子植物病理課的學生，藉由主題式的專題教學，深入台東的農業耕作現場，進行質性的田野研究及訪談，透過訪談的過程，來發現自己學習的興趣，在課堂上的分段式教學過程中，尋找自己想找問題的答案，讓學生的學習從被動慢慢轉為主動，解決學習動機低落的問題。另外也可以在主題式專題的程中，推動學生深入台東不同的農場，建立專屬台東地區的農作物病害調查資料，然後再針對病害發生的場域，協助農民進行科學性的病害分離與接種試驗，並透過分子技術的協助，進行病原的 16SRNA 及 ITS 鑑定，提供台東地區農民相關的病害診斷服務，並藉此協助農民擬定適當的防治策略，降低學用落差的問題。最後請學生將主題式學習的材料，帶回課堂中進行談話式教學，藉由訪談資料的個案討論來優化整個報告的內容，提出可行且優質的防治策略建議，在回饋給台東地區的農民，藉此強化大學與地區農民的信任與互動，提升學生的社會責任與社會參與熱情，也同時並同時宣導與推廣關於降低化學性農業藥劑的使用量及友善農業耕作的理念。