本課程的教學目標在於帶領同學了解病原微生物如何感染植物，內容包括人類重要的農業作物病害害發展過程，植物的病原微生物包括病毒、細菌、真菌及線蟲的了解，同時也訓練修課學生學習病害調查的技術、病原菌純化、分離、鑑定的方法、病原菌接種的技術，以及病害防治策略的擬定，特別協助同學親自到台東各地區的農業生產區，了解病害發生狀況，親自進行作物病害的病菌分離及接種。透過對於台東本土地區的病害調查及病菌分離，引發同學對於植物病理研究的興趣及對台東土地熱愛的情懷，培養同學與台東地區農業工作人員實際接觸的經驗，讓同學不但在課堂上學習植物細胞面對病原入侵時，之基本生理反應及抗病機制，也能實際到農業耕作環境中去面對複雜的生物系統，藉此引發同學對於植物與微生物及環境間互動關係的興趣。